L'indemnité est versée par l'établissement public de santé dans lequel les fonctions de chef de pôle sont exercées. La part fixe est versée mensuellement. La part variable fait l'objet d'un seul versement annuel.
Lorsque prennent fin les fonctions de chef de pôle ou lorsque le praticien démissionne de ses fonctions avant le terme de son mandat, le versement de l'indemnité est suspendu.