Le secrétariat transmet l'ordre du jour et l'ensemble des documents de séance aux membres du Conseil national de l'alimentation au moins une semaine avant la date retenue pour chaque assemblée plénière. A titre exceptionnel, en cas d'urgence motivée et sur l'initiative du président, il peut ne pas tenir compte de ce délai.
Le secrétariat participe à l'ensemble des groupes de travail. Il est chargé d'établir l'ordre du jour et les convocations permettant d'en réunir les membres, il assiste le rapporteur pour la rédaction des projets d'avis et de rapports. Il assure la rédaction et la diffusion des procès-verbaux des séances.