L'autorité chargée du contrôle financier sur le Centre national de la propriété forestière, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de l'établissement. Elle contribue notamment en vue de leur prévention à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté. A cette fin, elle s'appuie sur une analyse des risques et de la performance.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'établissement, les circuits et procédures de contrôle budgétaire mis en place. Cette évaluation est faite en coordination avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.
Les projets d'actes et les documents émanant des directeurs des centres régionaux de la propriété forestière sont soumis au contrôle financier des trésoriers-payeurs généraux de région ou des directeurs régionaux des finances publiques territorialement compétents.