Le conseil d'administration élit un président parmi ses membres représentant les collectivités territoriales ou leurs groupements pour une durée de six ans. Il élit parmi l'ensemble de ses membres un vice-président. Il désigne également deux membres qui, avec le président, le vice-président et le préfet de la Vendée, constituent le bureau.
Le bureau comporte au moins un représentant d'un établissement public de coopération intercommunale à fiscalité propre.
Le vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement.