En cas de constat de tonnages inéligibles ou de perte de la traçabilité lors du contrôle effectué sur l'échantillon, un taux d'erreur, exprimé en pourcentage, est défini par un rapport entre, au numérateur, l'écart entre le montant des dépenses présentées et les dépenses éligibles retenues sur cet échantillon et, au dénominateur, le montant des dépenses éligibles retenues.
Le montant total des dépenses éligibles du dossier sera automatiquement recalculé par proratisation en appliquant le taux d'erreur constaté sur l'échantillon au montant total des dépenses présentées dans toutes les demandes de paiement.