Le service des affaires financières et immobilières comprend une sous-direction « affaires budgétaires et performance » ainsi que, directement placés auprès du chef du service :
― un bureau « gestion et expertise immobilière ministérielle » ;
― un centre de prestations financières ;
― une mission « nouveaux processus et systèmes d'information budgétaires et comptables » ;
― une mission « audit et contrôle interne ».