L'établissement est administré par un conseil de dix membres, comportant deux collèges :
1° Le premier collège comprend cinq membres représentant l'Etat, désignés par les ministres chargés respectivement :
― de l'urbanisme ;
― des transports ;
― de l'aménagement du territoire ;
― du budget ;
― des collectivités territoriales.
Pour chacun des membres prévus ci-dessus, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions.
2° Le deuxième collège comprend cinq membres représentant les collectivités territoriales et leurs établissements publics :
― le maire de Bègles ou son représentant désigné par lui au sein du conseil municipal ;
― le maire de Bordeaux ou son représentant désigné par lui au sein du conseil municipal ;
― le maire de Floirac ou son représentant désigné par lui au sein du conseil municipal ;
― le président de la communauté urbaine de Bordeaux ou son représentant désigné par lui au sein du conseil de communauté ;
― le président du conseil régional de la région Aquitaine ou son représentant désigné par lui au sein du conseil régional.
Le préfet de Gironde constate, par arrêté publié au recueil des actes administratifs de la préfecture, la composition du conseil d'administration.
Un représentant de l'établissement public Réseau ferré de France et un représentant de la Société nationale des chemins de fer français peuvent être désignés par le président de chacun de ces établissements pour assister, en fonction de l'ordre du jour, aux réunions du conseil d'administration, avec voix consultative.