Les règles relatives au délai de convocation des membres et au quorum sont celles prévues respectivement par les articles 9 et 11 du décret du 8 juin 2006 susvisé.
Le Haut Comité adopte, à la majorité absolue de ses membres, un règlement intérieur qui précise les modalités de son fonctionnement autres que celles prévues par le présent décret. Le règlement intérieur fixe notamment les modalités d'adoption des décisions, avis et rapports. Il prévoit les modalités selon lesquelles il est recouru aux expertises et à des débats contradictoires.