Le secrétariat permanent dépend fonctionnellement du comité ministériel d'investissement et est administrativement rattaché à la direction des affaires financières.
Les membres du secrétariat permanent sont mis à disposition par l'état-major des armées, la direction générale de l'armement et le secrétariat général pour l'administration.
L'activité du secrétariat permanent est coordonnée et animée par un chef du secrétariat.