L'établissement de placement éducatif de Besançon exerce les missions suivantes :
― l'accueil en hébergement des mineurs confiés au titre de l'ordonnance du 2 février 1945 relative à l'enfance délinquante et exceptionnellement des jeunes majeurs placés par les juridictions ;
― l'évaluation de la situation, notamment familiale et sociale, de chaque jeune accueilli, le cas échéant, aux fins d'élaborer des propositions d'orientation à l'intention de l'autorité judiciaire ;
― l'organisation de la vie quotidienne des jeunes accueillis ;
― l'élaboration pour chaque jeune accueilli d'un projet individuel ;
― l'accompagnement de chaque jeune accueilli dans toutes les démarches d'insertion ;
― la mise en œuvre d'une mission d'entretien ;
― la mise en œuvre à l'égard des mineurs accueillis d'une mission de protection et de surveillance ;
― l'exercice, dans le cadre de l'exécution des peines et des mesures de sûreté, du contrôle des obligations imposées aux personnes qui leur sont confiées ;
― l'organisation permanente, sous la forme d'activités de jour, d'un ensemble structuré d'actions qui ont pour objectifs le développement personnel, l'intégration sociale et l'insertion professionnelle du jeune.