La direction interrégionale de la mer est placée sous l'autorité du préfet de la région de son siège, ainsi que sous l'autorité fonctionnelle du préfet maritime, de chaque préfet de zone et de région du ressort de la direction interrégionale de la mer et de chaque préfet coordonnateur désigné au titre de l'article 66 du décret du 29 avril 2004 susvisé.
L'organisation de la direction interrégionale de la mer est arrêtée par le préfet de la région de son siège conformément aux instructions du ministre chargé de la mer, sur proposition du directeur interrégional et après avis des préfets de région et du préfet maritime du ressort de la direction interrégionale.
Le directeur interrégional de la mer exerce les compétences propres qui lui sont dévolues par le code du travail maritime, le code disciplinaire et pénal de la marine marchande, le code de l'éducation ainsi que par les textes relatifs à la sauvegarde de la vie humaine en mer, à la sécurité des navires, aux effectifs à bord des navires, à la formation maritime et à la délivrance des titres professionnels maritimes. Pour l'exercice de ces compétences, il est placé sous l'autorité directe du ministre chargé de la mer.
Le directeur interrégional de la mer peut recevoir délégation de signature de ces différentes autorités, selon leurs compétences respectives.