Le plan de contrôle établi par l'agent comptable sur la base d'une analyse de risques et adapté aux caractéristiques de chaque type d'aide fixe les modalités précises de ses contrôles et les critères de sélection des dépenses qui seront contrôlées. Il peut prévoir des modalités applicables à l'ensemble des aides payées ou déclinées pour chaque catégorie de dépenses d'intervention.
L'analyse de risques doit prendre en compte :
― le montant par dossier ;
― le risque lié à la nature du créancier ;
― le niveau de complexité juridique, technique ou financière de l'opération ;
― le caractère récurrent ou non de la dépense ;
― un système de sélection aléatoire ;
― les contrôles préalablement exercés dans la chaîne d'instruction des dossiers par les services déconcentrés de l'Etat ou autres partenaires publics, les donneurs d'ordre, les services ordonnateurs ou les corps de contrôle externe ;
― les contrôles automatiques intégrés dans les procédés informatiques mis en place ;
― l'intervention éventuelle des services de l'agence comptable en amont de la chaîne informatique et la fiabilité de cette dernière.