Le président du conseil de gestion arrête l'ordre du jour qui est transmis à tous les membres une semaine au moins avant chaque réunion. Il peut convier des experts à tout ou partie de ces réunions.
Le secrétariat du conseil est assuré par le service parisien de soutien de l'administration centrale.
Un rapport est adressé au ministre de la défense à l'issue de chaque réunion du conseil.