Le Centre national des sports de la défense est commandé par un officier général qui assure également les fonctions de commissaire aux sports militaires.
Le commandant du Centre national des sports de la défense est assisté de deux officiers supérieurs, un chef d'état-major qui le supplée dans l'exercice de ses fonctions de chef de formation administrative et un adjoint qui le supplée dans ses fonctions de commissaire aux sports militaires.