Les traitements antibiotiques curatifs vis-à-vis des salmonelles couvertes par le programme sont interdits, sauf en cas d'infection accompagnée de signes cliniques. En cas de traitement antibiotique reconnu actif sur les entérobactéries, nécessité par l'infection par un autre pathogène que Salmonella enteritidis ou typhimurium, le prélèvement prévu à l'article 6 ne doit pas être réalisé pendant le traitement ni le délai d'attente.
Il peut être dérogé à ce principe si le planning d'abattage ne permet pas le report de celui-ci. Dans ce cas, deux chiffonnettes supplémentaires pour recherche de salmonelles doivent compléter le prélèvement de fientes obligatoire. Ces chiffonnettes d'environnement doivent être passées sur 5 à 10 mètres au bas des murs et/ou en contact avec la litière afin de collecter les poussières et les fientes témoins du statut sanitaire avant le traitement. Les chiffonnettes sont poolées à l'élevage, puis sont analysées séparément des chaussettes.
Afin de ne pas interférer avec les protocoles de détection, la vaccination des poulets de chair et des dindes d'engraissement contre les infections par les salmonelles visées par l'arrêté ne peut être pratiquée qu'avec des vaccins inactivés autorisés.