Le cursus de formation initiale est organisé autour d'enseignements modulaires, alternant des périodes de stage théorique en école et pratique dans les services déconcentrés.
Il comprend les modules d'enseignement suivants :
― un tronc commun de formation consacré à l'organisation et au fonctionnement du ministère ;
― un enseignement traitant de l'environnement douanier commun aux deux branches d'activité ;
― un stage pratique destiné à la découverte de l'environnement professionnel ;
― des enseignements fondamentaux correspondant à la branche des opérations commerciales ;
― un approfondissement des connaissances liées au grade de contrôleur ;
― un stage pratique de découverte des fonctions afférentes au grade de contrôleur ;
― une formation spécialisée consacrée aux premières fonctions occupées ;
― un stage pratique dans leur future direction d'affectation donnant lieu à la rédaction d'un rapport sur les activités effectuées au cours de cette période.