Dans chacune des bases de défense pilotes, des officiers relevant du chef d'état-major des armées, portant le titre de commandant de base de défense pilote, assurent la responsabilité de l'administration générale et du soutien commun délivrés par les groupements de soutien de bases de défense pilotes aux formations et organismes du ministère de la défense.
Ils assurent, en outre, la coordination locale des soutiens délivrés par les directions et services du ministère à ces formations et organismes.