Hormis leurs présidents respectifs, le conseil d'administration et le conseil scientifique comprennent au maximum vingt-six membres.
Ils sont composés de personnalités qualifiées, françaises et étrangères, désignées par le président de l'école, et d'institutions partenaires choisies par le président de l'école.
Le conseil d'administration comprend en outre pour moitié des représentants élus des personnels, des élèves et des étudiants et le conseil scientifique au minimum un tiers de représentants élus des personnels d'enseignement et de recherche, des ingénieurs de recherche, des élèves et des étudiants.
Le conseil d'administration comprend également au maximum deux représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements sur le territoire desquels est implantée l'école, désignés respectivement par leurs organes délibérants ; ces collectivités sont fixées dans le règlement intérieur.
Le conseil scientifique élit son président parmi les personnalités qualifiées dans les conditions définies par le règlement intérieur pour un mandat de cinq ans renouvelable une fois.