Le président de l'école et le directeur général sont nommés pour un mandat d'une durée de cinq ans renouvelable une fois, par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sans considération de nationalité, après appel de candidatures. La durée des fonctions en qualité de président et de directeur général ne peut excéder deux mandats.
Ils sont choisis parmi les personnalités ayant une compétence scientifique dans les domaines d'activité de l'école.
Chaque candidat à la fonction de président présente à l'appui de sa candidature un projet d'établissement. Il élabore ce projet d'établissement avec le concours du candidat à la fonction de directeur général.
Les deux candidatures sont déposées concomitamment et tiennent compte des grands secteurs de formation enseignés à l'école.
Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à une commission un avis motivé sur les candidatures qu'il a au préalable retenues. Cette commission est constituée de personnalités scientifiques françaises et étrangères choisies en raison de leur compétence dans les disciplines correspondant aux missions de l'école, nommées par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur.
Les fonctions de président et de directeur général sont incompatibles avec l'exercice de fonctions électives au sein de l'école et de fonctions de directeur d'institut, de département, de laboratoire de recherche et de service.
Dans le cas où le président ou le directeur général cessent leurs fonctions pour quelque cause que ce soit, un nouveau président ou un nouveau directeur général est nommé pour la durée du mandat de son prédécesseur restant à courir. Si la vacance intervient au cours du dernier tiers du mandat, le nouveau président ou le nouveau directeur général peut exercer deux autres mandats.