Le conseil scientifique est consulté sur la politique culturelle et scientifique de l'établissement, le projet scientifique et culturel, la programmation des expositions, ainsi que sur toute autre question qui lui est soumise par le président du conseil d'administration.
Il est présidé par le président de l'établissement. Il comprend, outre son président, seize membres, parmi lesquels :
1° Trois représentants de musées ou de centres de culture scientifique et technique ;
2° Trois représentants d'organismes de recherche ou d'enseignement supérieur ;
3° Dix personnalités nommées en raison de leurs compétences scientifiques, muséologiques, culturelles, industrielles, techniques ou sociales et économiques dont au moins trois personnalités étrangères et deux salariés de l'établissement issus du monde scientifique sur proposition des organisations syndicales.
Les membres du conseil scientifique sont nommés par le président de l'établissement pour une durée de trois ans renouvelable.
En cas de vacance d'un siège au conseil scientifique, pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant l'échéance du mandat.
Le conseil scientifique se réunit au minimum deux fois par an sur convocation de son président, qui en fixe l'ordre du jour. Celui-ci peut inviter à assister aux séances toute personne dont il juge la présence utile. Les personnes ainsi entendues ne participent pas au vote.
Le quorum est atteint lorsque la moitié au moins des membres composant le conseil scientifique sont présents ou représentés. Lorsque le quorum n'est pas atteint, le conseil délibère valablement sans condition de quorum après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé.
Le conseil scientifique se prononce à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, le président du conseil scientifique a voix prépondérante.
Le président du conseil scientifique fait un rapport au conseil d'administration sur les travaux du conseil scientifique au moins une fois par an.