La gestion administrative et financière de l'école est assurée, sous l'autorité du président du conseil d'administration du BRGM, par un directeur nommé pour une durée de trois ans renouvelables dans les conditions prévues à l'article 10-1 du décret du 23 octobre 1959 susvisé. Le directeur est assisté par un conseil d'enseignement. Il présente chaque année à ce conseil un rapport d'activité de l'école qu'il communique au conseil d'administration du BRGM.