L'élection s'opère par scrutin à bulletin secret. Les modalités de vote par procuration sont précisées par instruction. Sont élus au Conseil supérieur de la fonction militaire, dans chaque catégorie, les candidats ayant obtenu le plus grand nombre de voix et, en cas d'égalité, les plus anciens dans le grade le plus élevé.
Toutefois, lorsque les membres d'un conseil de la fonction militaire sont désignés selon une représentation géographique, seul le candidat arrivé en tête du scrutin est élu membre titulaire du Conseil supérieur de la fonction militaire dans sa catégorie.
Si le nombre de candidats demeure insuffisant, les sièges qui ne sont pas pourvus à l'issue de l'élection sont attribués aux membres des conseils de la fonction militaire dans l'ordre de leur tirage au sort.
Sont d'abord pourvus, en fonction des résultats du scrutin et par ordre décroissant, les postes de titulaires puis les postes de suppléants. Les titulaires et les suppléants sont élus lors de la même élection. Les représentants de chaque catégorie sont élus parmi les membres de leur propre catégorie par l'ensemble des membres de leur groupe.
A l'issue du scrutin, les secrétaires généraux informent des résultats le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire et les militaires de l'armée ou de la formation rattachée concernée.
Ils adressent tout le matériel de vote au secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire.