Le préfet de région définit par arrêté préfectoral les priorités locales d'intervention du plan au regard des objectifs et du champ d'intervention de la mesure 121-A définis par le programme de développement rural hexagonal 2007-2013 (PDRH).
Le préfet de région s'appuie sur la stratégie régionale en faveur de l'élevage pour définir les objectifs régionaux du dispositif au regard des besoins structurels et territoriaux qui ont été identifiés. Les objectifs régionaux du plan de modernisation des bâtiments d'élevage sont fixés en concertation avec les autres financeurs de ce plan. Les organisations professionnelles agricoles représentatives sont consultées.
Par application des objectifs régionaux, le préfet de région fixe les critères de sélection des dossiers et leur pondération afin d'établir l'ordre de classement des dossiers présentés dans le cadre de l'appel à candidatures.
La structure de concertation peut s'appuyer sur la commission régionale de l'économie agricole et du monde rural (COREAMR), dont elle peut constituer une section spécifique.
Outre les modalités d'examen des projets présentés par appel à candidatures, l'arrêté préfectoral définit, dans la limite du cadre fixé par le présent arrêté, le public cible, l'intensité de l'aide, les dépenses retenues au niveau régional et les plafonds d'aide.
Les subventions du ministère chargé de l'agriculture sont accordées aux projets dans l'ordre du rang de classement et dans la limite des enveloppes allouées.
Le préfet de région établit également, par arrêté préfectoral, après concertation avec les partenaires financiers du plan, les conditions de déroulement de l'appel à candidatures prévu à l'article 2.
Le ministère de l'alimentation, de l'agriculture et de la pêche peut organiser au plan national des appels à candidatures pour des projets d'investissements spécifiques à portée nationale et à valeur expérimentale, tels que les bâtiments « économes » ou les bâtiments à « haute qualité environnementale ». Les modalités de ces appels à candidatures sont définies par voie de circulaire du ministère de l'alimentation, de l'agriculture et de la pêche. Ils sont financés sur l'enveloppe globale des crédits budgétaires alloués au PMBE.
Les règles de priorité et de sélection de l'axe 4 (LEADER) du PDRH s'appliquent aux dossiers PMBE relevant de cet axe.