Pendant la période de liquidation, le régime financier et comptable applicable à l'établissement est maintenu en vigueur. Le contrôle financier de l'Etat continue de s'exercer selon les modalités en vigueur.
L'agent comptable du centre d'éducation populaire et de sport de Mâcon en fonction à compter du 1er septembre 2009 est chargé de la liquidation des comptes de l'établissement.