La scolarité des élèves commissaires est organisée en deux cycles de formation de deux semestres chacun, qui se composent :
1° D'une formation humaine et militaire visant à donner aux élèves la connaissance globale de leur milieu professionnel et la maîtrise des disciplines indispensables à l'état d'officier, notamment en matière d'exercice de l'autorité. Elle comprend la découverte approfondie du milieu maritime, la formation militaire et sportive et les méthodes et techniques d'action ;
2° D'une formation au métier de marin, notamment à travers la formation au quart de navigation et aviation, et à la sécurité à bord d'un bâtiment ;
3° D'une formation d'administrateur embarqué, apte à assurer le soutien administratif, logistique, financier et juridique d'un bâtiment de la marine nationale et de son équipage.