Une instruction, soumise à l'inspecteur du commissariat et de l'administration de la marine et au conseil de perfectionnement, fixe le déroulement de tous les cycles de formation, les objectifs et le contenu des formations, les conditions d'organisation des examens et les coefficients qui leur sont attribués.
Certains cours peuvent être organisés en partenariat avec d'autres établissements de l'enseignement supérieur civil ou militaire, dans des conditions fixées par la direction centrale du commissariat de la marine.