Pour l'année 2009, les coûts de fonctionnement des missions d'appui à l'investissement mentionnées à l'article 8-6 du décret du 21 décembre 2001 susvisé sont pris en charge par le fonds pour la modernisation des établissements de santé publics et privés à hauteur de 5,58 millions d'euros pour la mission nationale et à hauteur de 6,12 millions d'euros pour l'ensemble des missions régionales ou interrégionales.