La cellule qualité, dirigée par un responsable qualité assisté d'un adjoint, est chargée de vérifier au titre de l'assurance qualité, en surveillant les activités de formation et d'entretien, que les normes requises par l'autorité ainsi que toute exigence supplémentaire définie par le service, y compris les aspects clients, sont correctement appliquées.
Elle met en œuvre des programmes de surveillance (du FTO, de la maintenance de la flotte d'aéronefs du SEFA et des affaires hygiène et sécurité) et un système de retour d'informations en vue d'une démarche d'amélioration continue. Elle a en charge la certification du SEFA à la norme ISO 9001.
Le responsable qualité est le chargé de communication du SEFA.
Il est également le correspondant sûreté et défense de la DGAC.