Des contrôles administratifs et sur place sont réalisés conformément aux dispositions des articles 25 à 31 du règlement (CE) n° 1975/2006 pour vérifier le respect des conditions requises pour l'octroi des soutiens. Ils sont effectués, dans le cadre de leurs attributions respectives, par le préfet et par l'organisme payeur agréé au titre des dépenses relevant du règlement de développement rural.
Le contrôle administratif est exhaustif. Il s'effectue lors de la demande de contrat et à réception de toute pièce justificative. Les conditions de réalisation de la visite sur place dans le cadre du contrôle administratif sont définies par voie de circulaire. Nonobstant le respect des obligations mentionnées à l'article 2 du décret du 28 juillet 2004 susvisé, le contractant justifie, auprès du préfet, du respect de ses engagements pris dans le cadre de l'OPEDER grands prédateurs.
Les contrôles sur place portent sur la totalité des engagements et des obligations relatives au CPEDER objet du contrôle, qu'il est possible de contrôler au moment du contrôle sur place.