Le directeur de l'agence de reconversion de la défense, chef de service, est nommé par le ministre de la défense, sur proposition du directeur des ressources humaines du ministère de la défense, après avis du chef d'état-major des armées, du délégué général pour l'armement et du secrétaire général pour l'administration.
Il dispose de deux adjoints, sous-directeurs de l'administration centrale, qui le remplacent en cas d'absence ou d'empêchement.
Le directeur de l'agence gère les emplois et crédits attribués à l'agence pour l'exercice de sa mission.
Il signe les marchés publics nécessaires à la réalisation des prestations.
Les personnels militaires et civils de l'agence relèvent de l'autorité du directeur de l'agence et sont gérés et rémunérés par les organismes gestionnaires dans les conditions applicables à leurs statut et niveau d'emploi.