Le comité se réunit sur convocation de son président. Celui-ci fixe l'ordre du jour et désigne les rapporteurs. Ceux-ci sont choisis, en raison de leur compétence particulière et selon la nature des affaires à examiner, soit parmi les membres du comité, soit en dehors de lui.
Le comité peut également, sur décision de son président, fonctionner sous forme de sections, notamment lorsqu'il s'agit de questions juridiques ou d'établissement de barèmes. Ces sections, présidées par le président du comité, ou son suppléant désigné par le ministre de la défense, ou par un des membres du comité désigné par le président, comprennent un minimum de quatre membres représentant les administrations civiles et militaires. Dans les cas prévus à l'article R. 2234-96, les organisations professionnelles intéressées sont invitées à désigner un nombre de représentants égal au nombre de représentants des administrations civiles et militaires.
Les sections ainsi constituées formulent un avis au nom du comité, à moins que le président ou le comité n'en décident autrement.