Le conseil d'administration comprend, outre le président de l'établissement, quatorze membres :
1° Cinq représentants de l'Etat :
― le secrétaire général du ministère chargé de la culture ou son représentant ;
― le directeur chargé des musées de France ou son représentant ;
― le directeur chargé du patrimoine ou son représentant ;
― le directeur du budget ou son représentant ;
― le préfet de Seine-et-Marne ou son représentant ;
2° Trois personnalités choisies en raison de leur compétence ou de leurs fonctions, dont une en raison de sa connaissance des publics des musées nationaux, désignées par arrêté du ministre chargé de la culture ;
3° Deux membres des corps des conservateurs généraux ou des conservateurs du patrimoine, désignés par arrêté du ministre chargé de la culture, l'un parmi les conservateurs du musée du château de Fontainebleau, l'autre parmi les conservateurs généraux chargés de mission à l'inspection générale de l'architecture et du patrimoine ;
4° Deux représentants du personnel élus dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture ;
5° Le maire de Fontainebleau ou son représentant ;
6° Le président du conseil général de Seine-et-Marne ou son représentant.