Le directeur de l'enseignement militaire supérieur préside un comité de direction, composé des responsables des organismes cités à l'article D. 4152-10 du code de la défense susvisé et du chef du bureau « prospective, plans, pilotage » cité à l'article 2.
Il dispose en outre d'une chancellerie dont la compétence s'étend à l'ensemble du personnel civil et militaire de l'organisme.