Le conseil scientifique comprend vingt-cinq membres ainsi répartis :
a) Le directeur général de l'établissement.
b) Douze membres nommés par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle de l'établissement :
― trois représentants d'organismes de recherche ;
― six personnalités scientifiques représentatives des domaines de recherche de l'établissement ;
― trois représentants d'organismes de valorisation de la recherche, d'instituts techniques ou de fédérations professionnelles.
c) Douze membres élus :
― deux représentants des professeurs relevant du décret du 6 juin 1984 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des professeurs relevant du décret du 21 février 1992 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des maîtres de conférences relevant du décret du 6 juin 1984 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des maîtres de conférences relevant du décret du 21 février 1992 susvisé et personnels assimilés ;
― un représentant des ingénieurs du génie rural, des eaux et des forêts, des ingénieurs de l'agriculture et de l'environnement et des autres personnels enseignants ;
― deux représentants des personnels ingénieurs, assistants ingénieurs et techniciens ;
― un représentant des étudiants inscrits en doctorat.
Le conseil scientifique élit le président et le vice-président.