L'établissement est placé sous la tutelle conjointe du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Ils exercent les attributions dévolues au ministre chargé de l'enseignement supérieur et au recteur d'académie par les articles L. 711-7, L. 711-8, L. 719-4, L. 719-5, L. 719-7, L. 719-8, L. 719-13 et L. 953-2 du code de l'éducation et par les textes réglementaires pris pour leur application. Toutefois, chacun de ces ministres peut exercer les pouvoirs définis au deuxième alinéa de l'article L. 719-7 du même code de l'éducation.
Le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche agricole, agroalimentaire et vétérinaire et le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche exercent, chacun en ce qui le concerne, les attributions prévues par les articles L. 719-4 et L. 719-8 du code de l'éducation.
L'inspection de l'enseignement agricole exerce conjointement avec l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale et de la recherche les attributions prévues par l'article L. 719-9 du même code.