La subvention peut donner lieu, sur demande du bénéficiaire adressée au préfet, au versement d'un seul acompte, sous réserve que ce dernier atteigne la somme de 1 500 € et dans la limite de 80 % du montant de l'aide. Le paiement du seul diagnostic énergétique est possible indépendamment de la procédure de paiement pour les investissements matériels.
Conformément au règlement (CE) n° 1975/2006, le guichet unique identifié réalise avant paiement du solde une visite sur place, afin de vérifier la conformité des investissements réalisés. Les conditions de réalisation de la visite sur place sont définies par voie de circulaire du ministère de l'agriculture et de la pêche.
Les paiements sont effectués sur la base de justificatifs de dépenses admissibles fournis par le bénéficiaire. Le guichet unique vérifie l'éligibilité des dépenses pour lesquelles le bénéficiaire demande le versement de l'aide. En cas de différence, les réductions prévues à l'article 31 du règlement (CE) n° 1975/2006 sont appliquées.