L'IRCP a pour missions :
― de favoriser dans la durée, à l'échelle régionale du Pacifique, le lien nécessaire entre recherche fondamentale, politique de préservation et formation des acteurs dans le domaine de la gestion des récifs coralliens ;
― de soutenir des problématiques transversales, qui prennent en compte l'apport des sciences humaines et sociales pour la gestion durable des récifs coralliens ;
― de mettre en place un réseau de surveillance des récifs coralliens ;
― d'œuvrer en faveur de projets fédérateurs visant à la préservation des récifs coralliens et ainsi d'apporter, dans un contexte de développement durable, une contribution à l'avenir des écosystèmes coralliens et des peuples qui en dépendent.
L'IRCP intervient dans le domaine de la recherche appliquée et de la formation. Il contribue à la diffusion des résultats de la recherche et exerce une activité d'expertise au profit des institutions, collectivités et autres acteurs concernés par les questions ayant trait aux récifs coralliens.
Pour l'exercice de ses missions, l'IRCP s'appuie sur le potentiel de recherche et de service de la section compétente de l'Ecole pratique des hautes études tant en métropole qu'en Polynésie française, notamment sur le laboratoire Biologie et écologie tropicale et Méditerranée et sur le Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement.
Il coopère avec l'université de la Polynésie française ainsi qu'avec les autres établissements d'enseignement supérieur et organismes de recherche présents dans le Pacifique ou concernés par les thématiques relatives aux récifs coralliens.
Il coopère avec les acteurs du monde économique et associatif ainsi qu'avec les représentants des organisations non gouvernementales, les organismes internationaux et les institutions des autres pays concernés par les questions ayant trait aux récifs coralliens.
Il a son siège à Moorea.