L'expert ainsi que le spécialiste appelé à participer aux travaux du comité conformément aux articles R. 1123-12 et R. 1123-14 du code de la santé publique sont indemnisés à hauteur d'une vacation pour une demande initiale mentionnée aux articles L. 1121-1 et L. 1123-6 du code de la santé publique.
Cette indemnité est fixée à la moitié d'une vacation quand elle concerne un rapport présenté pour une modification substantielle d'une recherche biomédicale, une modification substantielle d'une recherche visant à évaluer les soins courants en application du 2° de l'article L. 1121-1 du code de la santé publique ou une modification substantielle des conditions d'exercice relatives à une déclaration ou une demande d'autorisation d'activités de conservation et de préparation à des fins scientifiques de tissus et de cellules issus du corps humain et leurs dérivés.
Le montant d'une vacation est fixé à 67 €.