Le maître d'œuvre organise un plan de contrôle aléatoire annuel destiné à estimer la prévalence d'infestation d'une zone. Le coordonnateur régional s'assure de la pertinence du plan de contrôle.
Le plan de contrôle repose sur l'analyse sérologique des sérums ou des laits de mélange prélevés dans le cadre des opérations de prophylaxie collective bovine réglementée, dans un échantillon de cheptels désignés par tirage au sort. Le plan de contrôle sérologique peut éventuellement être complété par des contrôlés visuels aléatoires, notamment en cas de contrôle sérologique d'un nombre insuffisant de cheptels compte tenu de la prévalence recherchée.