Pour l'exercice de ses attributions en matière de prospective, la secrétaire d'Etat chargée de la prospective et du développement de l'économie numérique dispose des différentes instances et services compétents en matière de prospective et d'expertise placés auprès du Premier ministre, notamment le Centre d'analyse stratégique, le Conseil d'analyse économique, le Conseil d'orientation des retraites, le Conseil d'analyse de la société et le Conseil d'orientation pour l'emploi. Elle fait toutes propositions pour faciliter l'exercice de la mission confiée à ces instances et services et tirer le meilleur parti de leurs travaux.
Pour l'exercice de ses attributions en matière de développement de l'économie numérique, la secrétaire d'Etat chargée de la prospective et du développement de l'économie numérique a autorité, conjointement avec la ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche, sur la délégation aux usages de l'internet. Elle dispose de la direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services, de la direction du développement des médias et du Conseil général de l'industrie, de l'énergie et des technologies. Elle peut faire appel à la délégation interministérielle à l'aménagement et à la compétitivité des territoires ainsi qu'aux directions et services d'administration centrale des différents départements ministériels compétents en matière de droit de l'internet.
Elle peut, en outre, pour l'ensemble de ses attributions, faire appel en tant que de besoin aux conseils, délégations, directions et services d'administration centrale compétents en matière d'expertise, de prospective et d'économie numérique relevant des différents départements ministériels, en particulier la direction générale de la modernisation de l'Etat, la direction générale de l'Institut national de la statistique et des études économiques, la direction de l'animation de la recherche, des études et des statistiques, la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques et le Conseil consultatif de l'internet. Elle peut faire appel à l'inspection générale des finances, l'inspection générale de l'administration et l'inspection générale des affaires sociales.
Par délégation du Premier ministre, elle peut présider le comité stratégique pour le numérique.