Les conseils scientifiques d'estuaire créés pour la Seine, la Loire et la Gironde par l'article 16 de la loi du 4 juillet 2008 susvisée sont composés de personnalités qualifiées à raison de leurs compétences scientifiques en matière de préservation et de gestion des espaces naturels.
Ces personnalités qualifiées sont nommées pour une période de cinq ans renouvelable, après avis du préfet maritime compétent pour l'estuaire concerné et des préfets des départements des communes riveraines de l'estuaire par :
― le préfet de la région Haute-Normandie pour le conseil scientifique de l'estuaire de la Seine ;
― le préfet de la région Pays de la Loire pour l'estuaire de la Loire ;
― le préfet de la région Aquitaine pour l'estuaire de la Gironde.
Le préfet compétent pour procéder aux nominations arrête le nombre de membres du conseil, qui est compris entre dix et vingt.