Pour les départements de la Guadeloupe, de la Guyane, de la Martinique et de la Réunion, en ce qui concerne les compétences tant de niveau régional que de niveau départemental, le préfet est ordonnateur secondaire du budget et des comptes spéciaux gérés par le ministre de l'agriculture et de la pêche pour les recettes et les dépenses relatives à l'activité de la direction de l'agriculture et de la forêt et de la direction des services vétérinaires et aux attributions relevant de la pêche et des cultures maritimes de la direction régionale et départementale des affaires maritimes.
Le préfet peut donner délégation de signature au directeur de l'agriculture et de la forêt, au directeur des services vétérinaires et au directeur régional ou départemental des affaires maritimes pour les affaires relevant de leur champ de compétence respectif.