Le préfet de région est l'ordonnateur secondaire unique du budget et des comptes spéciaux gérés par le ministre de l'agriculture et de la pêche pour les recettes et les dépenses relatives à l'activité de la direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt et aux attributions relevant de la pêche et des cultures marines de la direction régionale ou interrégionale des affaires maritimes.
Le préfet de région peut être l'ordonnateur secondaire des rémunérations des agents contractuels et des vacataires relevant des services déconcentrés du ministère de l'agriculture et de la pêche.
Le préfet de région peut donner délégation de signature au directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt et au directeur régional et interrégional des affaires maritimes pour les affaires relevant de leur champ de compétence respectif.