A la fin de la période de liquidation, le liquidateur arrête le compte de clôture de liquidation et produit le compte rendu de sa gestion. Le compte de clôture est soumis à l'approbation, par arrêté, des ministres chargés de l'agriculture, de la sécurité sociale et du budget.
Cet arrêté règle les modalités de transfert des éléments d'actif et de passif qui ne figurent pas déjà dans les comptes de la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole et qui subsistent à la clôture du compte de liquidation, notamment du solde de trésorerie lié aux opérations de liquidation. Il précise les conditions de reprise par la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole des biens mobiliers acquis par l'établissement de gestion du fonds de financement des prestations sociales des non-salariés agricoles.