Pendant la période de liquidation, le régime financier et comptable applicable à l'établissement est maintenu en vigueur. Le contrôle financier de l'Etat continue de s'exercer selon les modalités en vigueur. L'agent comptable demeure en fonctions. Les agents de l'établissement appelés à assister le liquidateur restent employés dans les mêmes conditions que précédemment.
Le compte financier de l'exercice 2008 est établi par l'agent comptable en fonctions, visé par le liquidateur et soumis à l'approbation des ministres chargés de l'agriculture, de la sécurité sociale et du budget. Les comptes annuels de l'exercice 2008 sont établis par l'agent comptable, arrêtés par le liquidateur et soumis à l'approbation des ministres chargés de l'agriculture, de la sécurité sociale et du budget.
L'approbation intervient après réception du rapport du commissaire aux comptes.