Le musée de l'air et de l'espace est soumis au contrôle financier institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les attributions du contrôleur financier sont fixées par arrêté du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.
(Art. 25 du décret n° 93-467 du 23 mars 1993 portant statut du musée de l'air et de l'espace.)