Le directeur de l'Ecole nationale supérieure de techniques avancées est assisté par un directeur adjoint. Un directeur de la formation et de la recherche dirige les activités d'enseignement et de recherche au sein de l'école et en assure la coordination. Un secrétaire général est chargé de la gestion administrative de l'établissement.
Le directeur adjoint et le secrétaire général sont nommés par arrêté du ministre de la défense sur proposition du directeur de l'école. Le directeur de la formation et de la recherche est nommé par le directeur de l'école, après avis du conseil d'administration.
Le directeur adjoint est le suppléant du directeur. Le directeur peut en outre, sous sa responsabilité, déléguer sa signature au directeur de la formation et de la recherche et au secrétaire général pour accomplir en son nom certains actes relatifs à certaines de ses attributions.
(Art. 12 du décret n° 94-844 du 30 septembre 1994 portant organisation de l'Ecole nationale supérieure des techniques avancées.)