L'agent comptable principal est nommé par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.
Des agents comptables secondaires, placés auprès des directeurs de comptoirs, peuvent être nommés par le directeur général, après accord du ministre chargé du budget et après avis de l'agent comptable principal.
(Art. 13 du décret n° 2004-216 du 11 mars 2004 portant organisation et fonctionnement de l'économat des armées.)