Chaque comptoir est placé sous l'autorité d'un directeur désigné par le directeur général de l'établissement.
Il peut donner une délégation de compétence aux directeurs de comptoirs pour représenter l'établissement en justice, recruter et gérer le personnel et assurer les relations sociales avec les représentants élus du personnel du comptoir.
Le directeur de comptoir peut déléguer sa signature.
(Art. 11 du décret n° 2004-216 du 11 mars 2004 portant organisation et fonctionnement de l'économat des armées.)