Le contrôle financier est exercé dans les conditions prévues par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.
(Art. 30 du décret n° 2007-890 du 15 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique.)